ГТК России, как и Банк России, совмещает функции органа валютного регулирования и органа валютного контроля (ч. 1 ст. 198 ТК РФ; ч. 20 п. 5 Положения о Государственном таможенном комитете Российской Федерации, утвержденного Указом Президента РФ от 25 октября 1994 г. № 2014 (с изм. и доп., включая от 16 октября 1999 г.), что обусловлено необходимостью (по смыслу п. 3 ст. 11 ЗВРиВК) формального подтверждения фактической подчиненности ему всех остальных таможенных органов как агентов валютного контроля (ч. 2 ст. 198 ТКРФ).

ГТК России совместно с Банком России определяет

• порядок вывоза и пересылки резидентами из Российской Федерации валютных ценностей (п. 7 ст. 6 ЗВРиВК, а также Положение Банка России №148-П и ГТК России №01-11/22 от 16 августа 2001 г. "Об осуществлении таможенно-банковского контроля за экспортом кредитными организациями аффинированного золота и серебра"; Приказ ГТК России от 27 мая 1998 г. № 348 "О таможенном оформлении аффинированного золота и серебра".)
• порядок перевода, вывоза и пересылки нерезидентами из Российской Федерации валютных ценностей (п. 4 ст. 8 ЗВРиВК).

ГТК России обладает и организационными полномочиями в сфере валютного регулирования, определяя функции и полномочия иных таможенных органов РФ при осуществлении ими валютного контроля в пределах компетенции таможенных органов РФ в указанной области, установленных ст. 199 ТК РФ (ч. 3 ст. 198 ТК РФ).

На практике влияние ГТК России на состояние валютного законодательства оказалось значительно более существенным, чем можно было предполагать исходя из анализа его компетенции по ЗВРиВК.

Об этом свидетельствует, например, факт издания Банком России и ГТК России совместных инструкций по ключевым вопросам валютного обращения, таким, например, как использование валюты при совершении экспортных и импортных операций.